מבצע 'תיבת נח', תפיסת אוניית הנשק 'קארין A'

בשלושה בינואר 2002 השתלטה זרוע הים על אונית הנשק 'קארין A', שניסתה להבריח אמצעי לחימה מאיראן לשימוש הרשות הפלסטינית בעזה. תכנונה המקורי של האונייה היה להבריח אמצעי לחימה מנמל קיש שבאיראן, דרך תימן ותעלת סואץ אל עזה, כאשר על תורן הספינה מונף דגל טונגה.
ב-11 בדצמבר 2001 הגיע לישראל מידע מודיעיני לפיו הרשות הפלסטינית, בסיוע מספר חברות קש, רכשה את האונייה. לאחר שהתקבל המידע, נכנסה האונייה למעקבם של גורמי המודיעין הישראליים. התברר כי ברכישת ובהפעלת האונייה מעורבים מספר בכירים פלסטינים אשר עסקו גם בניסיון הברחת האונייה "סנטוריני" שנלכדה כשנתיים לפני כן. איסוף המידע התבצע בשיתוף פעולה הדוק עם ארצות הברית וה-CIA.
ביום לכידת האונייה, כאשר היא שייטה בין ערב הסעודית לסודאן, הגיעו מסוקי חיל האוויר ומתוכם השתלשלו לוחמי שייטת 13, אותם הובילו מפקד השייטת דאז, אל"ם רם רוטברג (לימים מפקד זרוע הים) ומפקד פלגת לוחמים, סא"ל דרור פרידמן (כיום ראש המטה הזרועי). הלוחמים השתלטו על הספינה ועל אנשי צוותה במהירות ותוך שימוש בקרב מגע, מבלי להשתמש בנשקם.
איש מצוות הספינה לא גילה התנגדות ונתפסו עשרה נוסעים: שני קציני המשטרה הפלסטינית, שלושה אזרחים לבנוניים (ביניהם פעיל חזבאללה אחד) וחמישה אזרחים מצריים. משך ההשתלטות הכולל על הספינה ארך כשבע דקות בלבד.
במקביל הגיעו למקום לוחמים נוספים מהיחידה באמצעות סירות גומי מהירות ששוגרו מאונית זרוע הים. מעל המקום ריחפו מסוקי קרב של חיל האוויר ומסוקי יסעור שעליהם לוחמי יחידת החילוץ 669, ומעליהם טסו מטוסי מודיעין, צילום ותדלוק, ומטוסי F15 שהבטיחו את העליונות האווירית.
על תורן האונייה הונף דגל ישראל והיא הובלה למפרץ אילת, שם התגלה כי על האונייה הועמסו אמצעי לחימה במכלי אטימה המיוצרים באיראן. על גבי האונייה היו כ-50 טון נשק, שהכיל בין היתר: רקטות מדגם קטיושה, מרגמות, טילי לאו, רובים מסוג "דרגונוב",AK-47 קלאשניקוב, טילי רעד, מטולי R.P.G ומוקשים.
לתפיסת אונית הנשק הייתה תרומה רבה, שכן התחלחלה ההבנה כי יאסר ערפאת, שמימן את הנשק והמשא על הספינה, אינו עומד בהסכמי אוסלו.

מבצע 'ארבעת המינים'

בשלושה בנובמבר 2009 השתלטה זרוע הים על אונית הנשק 'פרנקופ' שניסתה להבריח אמצעי לחימה לשימוש חיזבאללה שברצועת עזה. האונייה הועמסה בנמל דמיאט שבמצרים, לאחר שהמשא הועבר מאונייה אחרת בנמל בנדר עבאס שבאיראן. לאחר מכן, יצא המשא לכיוון לבנון.

הודות למודיעין הישראלי השתלטו לוחמי ספינות הטילים ולוחמי שייטת 13 על האונייה. ההשתלטות בוצעה במרחק של כ-180 קילומטרים מחופי ישראל. באשדוד, התגלה האמל"ח: 566,220 כדורים לרובה סער מדגם קלשניקוב, 20,100 רימוני רסס, 3,046 פגזי תותח ללא רתע בקוטר 106 מ"מ, 774 פצצות מרגמה 120 מ"מ, 2,136 פצצות מרגמה 81 מ"מ, 5,680 פצצות מרגמה 60 מ"מ, 690 רקטות בקוטר 122 מ"מ מסוג גראד ו-2,125 קטיושות בקוטר 107 מ"מ.