מבצע סנונית:

בלילה שבין ה-16 ל-17 במרץ יצא כוח גולני במבצע אל נוקייב בעקבות מתיחות שהגיעה לשיאה בגזרת החוף הצפון-מזרחי של הכנרת. למעלה מחודש ימים הטרידו הסורים באש רובים ומקלעים את הדייגים, וכיוונו אש מקבי"ם (מקלעים בינוניים) ותול"רים (תותחים ללא רתע) אל ספינות המשמר הישראליות.
בתגובה לפגיעות החוזרות ונשנות של הסורים בדייגים הישראלים, כוח גולני פשט על אזור נוקייב. נמכ"ים (נחתות מכוניות) מיחידת משמר הכנרת (פלגה788), שפעלה להגנת הדיג הישראלי ופעלה למניעת שימוש במי הכנרת על ידי הסורים, הנחיתו כוחות והיו בכוננות לפינוי נפגעים.
במבצע משולב של חטיבת גולני ושל שייטת 13 הביא לכיבוש המוצבים, לפינוי כפר נוקייב ולהריגתם של כ-30 חיילים סורים.
בצד הישראלי נהרגו שבעה חיילים וחייל נוסף נעדר, אבל הסורים למדו את הלקח. 20 חיילים קיבלו צל"ש.
במקביל היה אמור כוח של שייטת 13 לפעול נגד מוצב בכורסי, אך אש שנורתה עליהם מנעה השלמת המשימה והכוח נסוג ללא נפגעים (על פי העיתונאי אביחי בקר, המבצע ידוע בחוגי השייטת, בשל גילוי הכוח ונסיגתו, כ"מבצע ארנבת"

"מבצע אלכסנדריה" במלחמת ששת הימים:

בלילה הראשון של מלחמת ששת הימים, 5-6 ביוני 1967, חדרו שלושה זוגות צוללים לוחמי שייטת 13 שהובלו בידי הצוללת אח"י תנין צ-71 בפיקודו של רס"ן אברהם ("איבן") דרור לנמל אלכסנדריה במטרה למקש ולפגוע בכלי שיט מלחמתיים של הצי המצרי.
אח"י תנין נערכה מול נמל אלכסנדריה והוציאה שלושה זוגות לוחמים בפיקודו של איתן ליפשיץ אשר בתנאים קשים של ים גלי וסירות אויב שהטילו למים מטעני נפץ חדרו בהצלחה לנמל אלכסנדריה ומשלא איתרו כלי שייט צבאיים בקרבתם מיקשו ופגעו במבדוק, מחפר צף ודוברה, זוג צוללים נוסף נותר בצוללת כשתפקידו לשמש כסמנים לחבריהם בעת חזרתם.
הצוללים חזרו לנקודת החבירה אך בשל תקלות בציוד הסימון והים הגלי לא איתרו את מיקום חבריהם הסמנים ואת הצוללת ונאלצו לקראת אור ראשון לחזור ולהסתתר בחוף, הצוללת נאלצה עם אור יום להתרחק מנקודת המפגש ולבצע שינור לצורך טיהור אוויר וטעינת מצבריה, במהלך ההתרחקות מנק' החבירה זיהתה הצוללת את הספינה מצרית "טאריק", ציידת צוללות מדגם Black swan, הצוללת ירתה מטח טורפדו שלא פגע והספינה שזיהתה את הירי כנגדה תקפה את מיקומה המשוער של הצוללת במספר מטחים של פצצות עומק שאחת מהן גרמה להשבתת הסונאר ולפגיעה בסעפת פליטת הדיזלים אולם הצוללת הצליחה להתחמק ולבצע פעולות של בקרת נזקים.
לאחר דיווח למטה הוחלט כי על אף הנזק לסונאר תחזור הצוללת בלילה הבא לנקודת החבירה בניסיון נוסף לאסוף את הלוחמים אולם בבוקר ה 7 ביוני במהלך הפלגת הצוללת חזרה לנקודת המפגש התקבל מברק ממפקדת חיל הים כי הלוחמים המסתתרים אותרו ונפלו בשבי המצרי.
בינואר 1968, בוצעה עסקת שבויים ובה הוחזרו ששת הצוללים עם שאר שבויי מלחמת ששת הימים, על גילוי הגבורה וחירוף הנפש שבאו לידי ביטוי במבצע קיבל מפקד הצוללת את עיטור העוז, צוללני הצוללת והצוללים זכו לקבל רקע אדום לאותות הצוללן והעטלף, עדות להשתתפותם בקרב.

תקיפת פורט סעיד במהלך מלחמת ששת הימים:

בלילה הראשון של מלחמת ששת הימים, 5-6 ביוני 1967, חדר כוח של צוללים לוחמי שייטת 13 תחת פיקודו של רס"ן זאב אלמוג על גבי שני "חזירים", כלי שייט תת מימיים וסירה מהירה "ציפור" לנמל פורט סעיד שבפתחה הצפוני של תעלת סואץ במטרה לפגוע בכלי שייט מצריים ולמנוע איום ימי על כוחות צה"ל המתקדמים בסיני.
הכוח הובל עד לקרבת היעד בידי המשחתת אח"י יפו בפיקודו של סא"ל יצחק קט ולווה על ידי שתי טרפדות, ט-203 וט-207. מאחר ודו"חות המודיעין הזהירו מנוכחות סטי"לי "אוסה" מצריים חמושים בטילים בקרבת הנמל נותרה אח"י יפו מרוחקת וכוח הלוחמים לווה בידי הטרפדות.
ה"חזירים" הובלו בגרירה על ידי ה"ציפור" לפתח הנמל ומשם ביצעו עצמאית תחת אש והשלכת מטענים נגד צוללים סריקה לאיתור כלי שייט צבאיים שלא נמצאו באותה עת בנמל ולאחר כשעתיים וחצי יצאו לקראת אור ראשון לנקודת חבירה עם ה"ציפור" בפתח הנמל, לאחר החבירה הושמדו החזירים וטובעו על מנת שלא לעכב את הכוח.
במהלך החבירה זוהו הלוחמים ב"ציפור" על ידי מכ"מ מצרי, דיווח על כך בשידור של הצי המצרי נקלט ופוענח באח"י יפו, המשחתת שיגרה רקטות "מוץ" להטעיית מכ"מ וטילים והתרחקה, שתי ספינות אוסה שהיו בסיור הוזנקו לתקיפת ה"ציפור" אולם הותקפו על ידי הטרפדות שנשלחו לסיוע בירי תותחים ונסוגו, ככל הנראה ללא פגיעות כלשהן, בדיעבד הסתבר כי ה"אוסות" טרם חומשו בטילים ועל כן הונחו לנתק מגע, עובדה שלא הייתה ידועה במהלך הקרב ובשל כך נמנעה אח"י יפו מהצטרפות לקרב.
על אף שלא נפגעו במבצע כלי שייט של האויב, מבצע זה הוכיח יכולת מבצעית של חדירה ויציאה ללא פגע מנמל אויב בזמן מלחמה ולוחמי שייטת 13 אשר השתתפו בו זכו לקבל רקע אדום לאות העטלף, עדות להשתתפותם בקרב.

הפעולה בבניאס במלחמת ששת הימים:

ביומה הראשון של מלחמת ששת הימים, 5 ביוני 1967, במסגרת היערכות לתקיפה כוללת של לוחמי שייטת 13 על נמלי סוריה הובל כוח פשיטה שכלל צוללים וסירות גומי על סיפון אח"י נגה ק-22 בפיקודו של רס"ן זאב אריאל במטרה לפשוט על נמל לטקיה.
עקב איתור אווירי של חמש טרפדות מדגם K-123 העוגנות במעגן בניאס, שונה היעד והכוח נערך לתקיפתן בליל ה 5-6 ליוני.
סירות הגומי ועליהן הצוללים הורדו למים אולם עקב קשיים בניווט לא הגיעו לייעדן והחלו בסריקות מול החוף החשוך.
בעת המתנה בנקודת האיסוף זיהתה אח"י נגה תנועת כלי שייט בקרבתה שזוהו כשלוש טרפדות סוריות שחלפו בקרבתה במהירות וללא תגובה מאחר וככל הנראה זיהו אותה ככלי שייט סורי, הנוגה מצידה נמנעה מפתיחה באש מחשש לחשיפת כוח הפשיטה והתרחקה מהחוף.
בשל דממת האלחוט לוחמי כוח הפשיטה לא היו מודעים לתנועת הטרפדות הסוריות ומשלא איתר כוח הפשיטה את הנוגה, הושמדה אחת מסירות הגומי והדלק והלוחמים שעליה הועברו לסירות הנותרות והמשיכו בתנועה מערבה, בשעה 04:00 נוצר קשר ראשוני ולקראת אור ראשון הועלו הלוחמים והסירות על סיפון הנוגה מטוסי חיל האוויר נשלחו לליווי הכוח ובהמשך חברה הספינה עם זוג טרפדות שנשלחו לאבטחה.
במהלך יום ה 6 ביוני נודע כי עקב תקיפות חיל הים הועלתה הכוננות בנמלי מצרים וסוריה וניתנה הוראה לכלי השייט להיכנס לנמלים ולאבטח אותם, הכוח נערך לניסיון תקיפה חוזר אך עקב העלאת הכוננות והתקדמות הלחימה לא אושר ביצוע הפעולה.

כיבוש מעגן שארם א-שייח' במהלך מלחמת ששת הימים:

ב-7 ביוני 1967, יומה השלישי של מלחמת ששת הימים, לאור קריסת המערך המצרי בסיני ונסיגת כוחותיו הוחלט על הפעלת תוכנית של חיל הים לכיבוש מעגן שארם א-שייח'.
כוח שכלל 4 נחתות שנשאו על סיפונן 4 טנקים קלים מדגם AMX-13 וג'יפ בליווי של 3 טרפדות משייטת 15 שלצורך הגדלת טווח הפלגתן ולשיפור עמידתן במצבי ים פורקו מטורפדו ונותרו חמושות בתותחים בלבד, סירת ברטראם והגוררת צאלה ששימשה כספינת פיקוד וחילוץ החל בתנועה מאילת דרומה תחת פיקודו של אל"מ אברהם בוצר מפקד זירת ים סוף באותה עת ומאוחר יותר מפקד חיל הים.
עקב דיווח על חילופי אש באזור מצרי טיראן יצא בוצר בראש כוח שמנה שתי טרפדות אח"י אופיר (ט-150) ואח"י תרשיש (ט-152) והפליג במהירות דרומה כהשטרפדת השלישית, אח"י שבא (ט-151) נותרה לליווי כוח הנחתות עקב תקלה במנועה.
התוכנית המבצעית התבססה על צניחה של כח צנחנים בקרבת שארם א-שייח' והטרפדות נערכו להכנס למעגן במקביל, כשחלפו הטרפדות בטווח תותחי החוף המצריים בראס נצרני שאיימו על המעבר במצרי טיראן התברר כי עמדות התותחים נטושות והטרפדות המשיכו ללא עיכוב בדרכן דרומה, בשעה 11:30 נכנסו הטרפדות למעגן שארם א-שייח', שנמצא נטוש וצוותיהן הניפו את דגל ישראל על בנין בית החולים במקום, לאור תפיסת המעגן על ידי חיל הים בוטלה הצניחה וכוחות הצנחנים הוטסו למקום במסוקים.
בהמשך היום לכדו הטרפדות שתי ספינות דייג מצריות שניסו להימלט מהאזור, הספינות נעצרו לאחר ירי אזהרה ועל סיפונן נמצאו ונישבו 33 לוחמי קומנדו מצריים חמושים, כוח האבטחה המצרי שהוצב על האי טיראן.
לקראת ערב הגיע כוח הנחתות למעגן, הטנקים שעל סיפונן הונחתו בחוף המפרץ ותהליך ההשתלטות על אזור המעגן הושלם.

תקיפת הספינה ליברטי במלחמת ששת הימים:

ב-8 ביוני 1967, יומה הרביעי של מלחמת ששת הימים, הותקפה עקב זיהוי שגוי אונית הביון האמריקאית USS Liberty בידי מטוסי חיל האוויר וספינות חיל הים.
עם פרוץ הקרבות נשלחה ספינת הביון ליברטי, ספינת סוחר שהוסבה לשמש כאונית ביון של הצי האמריקאי לאזור הקרבות, על אף שהממשל האמריקאי הצהיר שאין ספינות אמריקאיות באיזור, מספר מטוסים ישראלים שחלפו מעליה בעת תנועתה זיהו אותה ומיקומה דווח, הספינה התמקמה מחוץ למים הטריטוריאליים, כ-21 קילומטרים מחופי סיני, מול אל-עריש.
בשעות הצהריים התקבל דיווח על הפגזה מהים על כוחות צה"ל בקרבת אל-עריש, שלוש טרפדות מפלגה 914: ט-203, ט-204, וט-206 בפיקודו של רס"ן משה אורן הוזנקו לסיכול הירי והליברטי זוהתה עפ"י נתוני תנועתה במכ"מ הטרפדות כמבצעת הירי, לבקשת מפקד כוח הטרפדות הוזנקו מטוסי חיל אוויר שדיווחו על ספינה במאפיינים של משחתת ולאחר קבלת אישור ביצעו ירי בתותחים והשלכת פצצות נפלאם על הספינה שסיפונה כוסה בשל כך בעשן כבד, הטרפדות שניגשו לזיהוי הבחינו שהספינה אינה בעלת מבנה של משחתת אך בקשתם מהספינה להזדהות נענתה באש מקלעים, בתגובה שוגר מטח טורפדו ממנו ספגה הספינה פגיעה קשה שהציפה מספר מדורים במרכזה.
לאחר שהתבררה הטעות פסקה האש, למפקד הספינה הוצעה עזרה אך הוא סירב לקבלה והמתין לחילוץ בידי הצי האמריקאי, בהתקפה נהרגו 34 אנשי צוות אמריקאים ו 74 נפצעו, הספינה נגררה למלטה לתיקונים ראשוניים ולאחר כשנה הוצאה משירות.

תקיפת צוללת מצרית בידי אח"י חיפה במלחמת ששת הימים:

עם פרוץ הקרבות הוקצו למשימה של איתור ותקיפת צוללות מצריות המשחתות אח"י אילת ק-40, אחי יפו ק-42 ואח"י חיפה ק-38, לשעבר המשחתת המצרית "איבראהים אל-אוואל" שהוחזרה לכשירות במהירות לקראת הלחימה, למשימה צורפה גם הצוללת אח"י רהב שהייתה ללא כושר צלילה ושימשה ככלי גילוי באמצעות הסונאר והסתייעה בסד"גים מגוייסים אותם הכווינה להטלת פצצות עומק.
מול חופי ישראל פעלו בעת הלחימה שלוש צוללות מצריות, ב 8 ביוני 1967, יומה הרביעי של מלחמת ששת הימים, איתרה המשחתת אח"י חיפה שהפליגה תחת פיקודו של סא"ל יהודה בן צור צוללת מצרית שהתגלתה מול עתלית, התקיפה התבססה על גילוי נצנוץ פריסקופ בעין ובהמשך על הדי מגע בסונאר הספינה (גל"צ), אח"י חיפה הטילה מטח של ארבע פצצות עומק ובתקיפה חוזרת פצצה נוספת שכוונה לעומק מירבי.
בסריקה שבוצעה הובחנו על פני המים כתמי שמן כהים וקרעי אטם גומי, כעשרים שנה מאוחר יותר התקבל אימות כי באירוע זה אכן הותקפה צוללת מצרית שנזקקה לתיקונים בעקבות הנזקים שספגה בהתקפה.


קרב רומני במלחמת ההתשה:

קרב ימי לילי שהתרחש ב-11 ביולי 1967, כחודש לאחר הפסקת האש במלחמת ששת הימים סמוך לחוף רומני שבצפון מערב חצי האי סיני בין כוח של חיל הים הישראלי ובו המשחתת אח"י אילת בפיקודו של סא"ל יצחק שושן ושתי הטרפדות אח"י איה ט-203 ואח"י דיה ט-204 תחת פיקודו של סרן אלי רהב, לבין כוח של חיל הים המצרי ובו שתי טרפדות.
בתחילת יולי 1967 בעקבות תקרית לילית של מפגש קרוב בין טרפדות מצריות לטרפדות ישראליות התברר שהמצרים מבצעים סיורים ליליים חשאיים של כלי שיט מלחמתיים מול חופי סיני מעבר לקו הפסקת האש. נוכחות מצרית זו סיכנה ספינות דייג ישראליות ואת כוחות חיל הים וכוחות צה"ל שבצפון סיני, בתגובה הוחלט על הגברת הסיורים הימיים ותגבור הכוחות המסיירים ליצירת עדיפות במידה ויתפתח עימות.
בליל ה 11 ביולי בשעה 22:00 התקבל מידע מודיעיני על יציאת שני כלי שייט מנמל פורט סעיד בתנועה מזרחה, מפקד אח"י אילת מתוך חשש שמדובר בסטי"לים בעלי עדיפות בטווח החימוש מיהר לסגור טווח עם המטרות בעוד שמפקד כוח הטרפדות סבר שמדובר בטרפדות איתן נתקל בעבר ונמנע מלהתגלות מתוך רצון להרחיק את האויב מבסיסו ולקיים את הקרב במימי סיני, לאחר שכוח האויב הבחין באילת חלפו הטרפדות הישראליות לפניה ונעו לקראת כוח האויב ובטווח 1000 יארד נפתחה עליהם אש בלתי מדויקת, בטווח 800 יארד פתחו הטרפדות הישראליות באש וביצעו ארבעה תקיפות תוך כדי ירי אינטנסיבי בתותחים ומקלעים כנגד ספינות האויב שזוהו כטרפדות מדגם P-123 כשאח"י אילת מבצעת ירי פגזי תאורה ובהמשך תוקפת בירי את אחת הטרפדות מטווח קרוב עד להתפוצצותה.
הקרב נמשך 25 דקות ובסופו טבעו כלי השיט המצריים מהתפוצצות החימוש שנשאו על סיפונם, ככל הנראה ללא ניצולים, לכוח הישראלי מספר פצועים קל מרסיסי פיצוץ הטרפדת המצרית בקרבת אח"י אילת, חרטומה של אחת מספינות האויב העשויות עץ נסחף לאחר הקרב לחוף ומוצב כיום בחצר מוזיאון ההעפלה וחיל הים שבחיפה.

מבצע "ברק" במלחמת ההתשה:

לאחר תום הקרבות במלחמת ששת הימים התברר שסירות מצריות שטות באופן חופשי בתעלת סואץ ובאגמים מאחר והמצרים ראו את קו הפסקת האש על הגדה המזרחית של התעלה, בעוד ישראל ראתה את הקו כעובר במרכז התעלה במרחק שווה מגדותיה.
לצורך הפגנת חופש השייט וללא נוהל מבצעי מסודר הושטו על ידי אנשי חיל הים סירות גומי נושאות דגל ישראל בשישה מוקדים לאורך תעלת סואץ. פעילות שזכתה מאוחר יותר לשם מבצע ברק.
המצרים הגיבו בירי על סירות הגומי ובהפגזה כבדה על עמדות צה"ל לאורך התעלה. כוחות צה"ל באזור דרום התעלה נערכו לתגובה וחילוץ אך ההפתעה מהתגובה המצרית החריפה ותנאי השטח בחלק מהמוקדים לא אפשרו לתת חיפוי ישיר לסירות ועזרה למפעיליהן, האש המצרית פגעה במספר סירות ולוחמיהן נאלצו להפסיק את השייט ולחפש מסתור, סירת 'ברטרם' שהובאה על רכב מוביל, במגמה להורידה למים הופגזה על ידי המצרים ונשרפה כליל.
שלושה לוחמים נפצעו בחילופי האש, זוג לוחמים נוסף שסירתם טובעה בקרבת המזח בפתחה הצפוני של התעלה, סג"ם יעקב כהנוב ורב"ט אברהם יסעור הסתתרו מאחורי עמוד עיגון, כוח מצרי בשתי סירות חתירה חצה את התעלה ושבה אותם. בתגובה חסמה ישראל את המעבר בתעלת סואץ לכלי שיט באופן מוחלט, חסימה שנמשכה עד לשנת 1975, אז נפתחה התעלה בעקבות הסכם הפרדת הכוחות בין ישראל למצרים.
שבויי המבצע שוחררו לאחר כשבעה חודשי שבי בכלא המצרי במסגרת עיסקת חילופי שבויים עם שבויי מלחמת ששת הימים ואסירי ה"פרשה".

מבצע "בולמוס 5" במלחמת ההתשה:

ב 21 ביוני 1969 פשטו לוחמי שייטת 13 במסגרת מבצע "בולמוס 5" על ראס עדבייה, בסיס מצרי בחופו המערבי של ים סוף, בסמוך למבואות הדרומיים של תעלת סואץ והעיר סואץ.
כתגובה על תקיפות חוזרות ונשנות של מעוזים ישראליים לאורך תעלת סואץ בידי המצרים הוחלט על ביצוע פשיטות של צה"ל בעומק מצריים וחבלה במתקנים אסטרטגיים, לצורך כך נערך ב 19 במאי 1969, כחודש לפני הפשיטה סיור מקדים בראס עדבייה לשם איסוף מודיעין בידי כוח של 8 לוחמי שייטת 13 בפיקודו של רס"ן עמנואל פז שהגיע ליעד בשני "חזירים".
בליל 21 ביוני 1969 תקף את הבסיס המצרי כוח של 25 לוחמים שהובלו בשבע סירות גומי, הכוח בפיקודם של סא"ל זאב אלמוג, לימים מפקד חיל הים ורס"ן שאול זיו, לימים מפקד שייטת 13 הסתער וכבש את תחנת המשמר, 32 חיילים מצריים נהרגו בפשיטה וכל חמשת המבנים והמתקנים שביעד פוצצו. לכוח הישראלי היו שני פצועים קל, אחת ממטרות הפשיטה, הריסת תחנת המכ"ם שבמקום לא הושגה מכיוון שהדיווח המודיעיני אודות הימצאותה התברר כשגוי.
פעולה זו בה תקפו כוחות משייטת 13 מטרה יבשתית הייתה הראשונה מסוגה, הפעולה זכתה להוקרת הרמטכ"ל חיים בר-לב שהביע את הערכתו במכתב לסא"ל אלמוג: "ביצועו המושלם של "בולמוס 5" הוכיח שוב כי אין גבול לכושר הביצוע, יכולת התכנון ומעל הכל מסירות הנפש ועוז הרוח של הצוללן הישראלי. אודה לך אם תעביר את הערכתי המלאה ללוחמי השייטת אשר לקחו חלק פעיל במבצע ובמיוחד לשאול זיו אשר פיקד על הכוח המסתער". הצלחתה של פעולה זו סללה את הדרך לפעולות נוספות, כשהנודעת שבהן היא הפשיטה על האי גרין.
חבלה בתעלת הע'ור בירדן
ב 22 ביוני 1969 פשטו לוחמי יחידה 707 (לימים ילת"מ) יחד עם כוח גולני בשטח ירדן מצפון מזרח למושב בית יוסף וחיבלו בתעלת הע'ור, פרויקט לאומי ירדני חיוני להובלת מים לחקלאות בחלקה המזרחי של בקעת הירדן.
הפעולה בוצעה בתגובה על חבלות חוזרות ונשנות משטח ירדן וסיועה של ירדן לפעילות חבלנית כנגד ישראל משטחה ויעדה היה יצירת הרתעה והפעלת לחץ לסילוק המחבלים מאזור הגבול עם ישראל, בביצוע הפעולה השתתפו שבעה לוחמים מיחידה 707 בפיקודו של נדב סלע, הכוח סייע ללוחמי גולני במעבר הירדן ולאחר תנועה בשטח הירדני פוצצו שני מעבירי מים מתחת לתוואי תעלת הע'ור וגרמו לקריסתה, גם חזרת הכוח נעשתה מבלי שכוחות צבא ירדניים הצליחו לאתרם וכל חיילי הכוח חזרו בשלום, למחרת השיב הצבא הירדני באש תותחים ומרגמות על מוצבי צה"ל לאורך הגבול.
הנזק שנגרם לתעלה היה רב וכתוצאה ממנו נמנעה הזרמת המים לשטחי החקלאות בירדן והתעלה לא תוקנה עד לסיום הלחימה, בעקבות הפשיטה והחבלה בתעלה ביקש חוסיין מלך ירדן את התערבות ארצות הברית להשגת הפסקת אש והתחייב לפעול כנגד ארגוני המחבלים אשר קנו אחיזה בשטח ממלכת ירדן. השינוי בעמדת ירדן הוביל לשורת עימותים בין הצבא הירדני לארגוני המחבלים שנדחקו מבקעת הירדן והיו אחד הגורמים לפריצת מלחמת האזרחים בירדן באוגוסט-ספטמבר 1970, מלחמה שהובילה לפירוק וסילוק אירגוני המחבלים משטח ירדן.

מבצע "בולמוס 6" הפשיטה על האי גרין במלחמת ההתשה:

בלילה שבין ה 19 ל 20 ביולי 1969 פשט כוח של לוחמי שייטת 13 וסיירת מטכ"ל על האי גרין, מתחם מצרי מבוצר בים סוף בסמוך למבואותיה הדרומיים של תעלת סואץ.
על האי גרין נבנה במהלך מלחמת העולם השנייה בידי הבריטים מתחם מבוצר לצורך הגנה על מבואות התעלה, המתחם חומש על ידי המצרים בעמדות תותחים 85 ו 37 מ"מ, ב 14 עמדות מקלעים, על האי הגן כוח בן כמאה חיילים ועל פי דיווחי מודיעין הותקנה עליו מערכת מכ"ם שקיומה היווה איום על פעילות חיל הים בסביבתו, לאור פשיטות מצריות חוזרות ונשנות על מוצבי צה"ל לאורך התעלה הוחלט לבצע פעולה משמעותית שתגבה מהמצרים מחיר כבד, תחזיר לצה"ל את כושר ההרתעה ותמנע מהמצרים ביצוע של התקפות נוספות.
לקראת הפעולה בוצע סיור מקדים של צוות צוללים על גבי "חזיר" למדידת זרמי המים ואיתור נקודות לנחיתה ופריצה, הסיור איתר נקודת נחיתה והעריך כי בקרבתה קיימת פרצה בגדרות התיל שתאפשר גישה אפשרות לטיפוס על קירות המתחם המבוצר.
במהלך הפשיטה הופעל כוח רתק והסחה שהגיע בצלילה על גבי "חזיר" והתמקם על בסיס שלט מבטון מדרום לאי, בשעה היעודה תקף הכוח בירי מקלעים ובזוקה את עמדות התותחים והמקלעים שעל גג המבנים בשעה שכוח לוחמי שייטת 13 הושט בסירות גומי לקרבת האי והמשיך בצלילה ללא התגלות עד לנקודת הפריצה בחלקו הצפוני של האי, הכוח טיפס על קירות המבנה וטיהר כמחצית משטחו של האי, גל שני של תוקפים שכלל לוחמי סיירת מטכ"ל שהושטו בסירות גומי הצטרף ללחימה ולטיהור האי מהכוחות המצריים שהופתעו אך השיבו אש והתבצרו בעמדות שעל גגות המבנים באי.
הקרב הקשה לכיבוש האי נמשך 39 דקות, עמדות התותחים והמקלעים נכבשו או הושמדו בירי מרחוק, עמדת המכ"ם זוהתה כעמדת דמי, על פי הערכה כשמונים מהלוחמים המצרים נהרגו ומעטים נפצעו והסתתרו במבנים, עם תום חילופי האש פונו הנפגעים הישראליים בסירות גומי והמבנים בחלקו הצפוני של האי פוצצו, הכוח נסוג לאחר שבוצעה סריקה לאיסוף ציוד ואמצעי לחימה משדה הקרב כשהפגזת תותחים מצריים כבדה נוחתת על האי ועל הכוח שהתפצל לקבוצות קטנות בדרכו חזרה לחוף הישראלי, במהלך החזרה נפגעה אחת מסירות הגומי והלוחמים שעליה המשיכו דרכם בשחייה עד שחולצו באמצעות מסוק.
בלחימה נהרגו שישה לוחמים ואחד עשר נוספים נפצעו, עמדות התותחים והמבנים שעל האי המבוצר פוצצו על ידי הכוח הפושט ונהרסו כליל בהפגזה המצרית והאי ננטש לאחר הפעולה, הפעולה זכתה להערכה רבה מצד פיקוד צה"ל ונחשבת כנקודת המפנה במלחמת ההתשה בה עבר צה"ל ממגננה ליוזמה התקפית. ללוחם עמי איילון, לימים מפקד חיל הים, שנפצע בפעולה הוענק עיטור הגבורה, ללוחם נוסף הוענק עיטור העוז ולארבעה לוחמים הוענק עיטור המופת, הפעולה נחשבת כאחת מפעולות הקומנדו הנועזות והמוצלחות שבוצעו מעולם.

מבצע "אסקורט", הטבעת שתי טרפדות מצריות במהלך מלחמת ההתשה:

בעקבות הצלחת הפעילות של כוחות חיל הים בפשיטות על ראס עדבייה ("בולמוס 5") ועל האי גרין הציב הצי המצרי שתי ספינות טורפדו P-183 מתוצרת סובייטית לנמל ע'רדקה במטרה לסכל מבצעים ימיים נוספים, במהלך תכנון מבצע הפשיטה המשוריינת ("מבצע רביב") עלה החשש כי ספינות אלו יפעלו כנגד הנחתות הישראליות והכוח המשוריין שעל סיפונן, והוחלט להטביען בעת שהייתן בנמל.
במבצע ההטבעה לקחו חלק שמונה לוחמי שייטת 13 בפיקודו של סא"ל זאב אלמוג, לימים מפקד חיל הים, ניסיון ראשון לחדירה לנמל בצלילה בליל ה 5 בספטמבר 1969 באמצעות "חזירים" נכשל עקב יציאת הטרפדות מהנמל וחשש כי הכוח התגלה, בליל ה 7 בספטמבר חדר הכוח ואיתר את הטרפדות כשהן עוגנות והצמיד אליהן מוקשי "עלוקה", מנגנוני ההשהיה של המוקשים הופעלו והטרפדות פוצצו וטבעו לאחר עזיבת הכוח.
בדרכם של הלוחמים חזרה התפוצץ עקב תקלה מנגנון ההשמדה העצמית של אחד החזירים ושלושה לוחמים נהרגו: רס"ן רפי מילוא, סגן שלמה אשל ורס"ל עודד ניר, הלוחם שנהג ב"חזיר" רס"ר אריה יצחק נפצע והמשיך בשחייה אל החוף כשהוא גורר את גופות חבריו עד שאותר בידי סיור אווירי שהוזנק לחיפושים וחולץ באמצעות מסוק.
בלילה שבין 5-6 ביולי 1967, כחודש לאחר מלחמת ששת הימים נערך מבצע "ברזלית", שיתוף פעולה בין פיקוד הדרום לשייטת 13, במהלכו חובלה מסילת הברזל בשטח מצרים ממערב לתעלת סואץ.
עם תום הקרבות במלחמת ששת הימים התברר כי חוליות קומנדו מצרי חודרות לסיני ומבצעות פעולות חבלה במסילת הברזל שבשליטת ישראל בקטע מקנטרה לאל עריש, בכדי לסכל פעולות אלו ולהזהיר את הפיקוד המצרי מפני המשך פעולות איבה הוחלט על ביצוע פעולת חבלה דומה, ללא נפגעים, בקטע המסילה המקביל לתעלה בין קנטרה לאיסמעיליה, הייתה זו הפעולה הראשונה שכללה חצייה של תעלת סואץ ופעולה מצידה המצרי.
הפעולה בוצעה בידי שני כוחות משייטת 13 שפעלו במרחק של 10 ק"מ זה מזה, הצפוני בפיקוד סרן שאול זיו והדרומי בפיקוד סרן גדי שפי, כל כוח כלל מנה שישה לוחמים שחיינים שנשאו עשרה מטעני חבלה לצורך הריסת מקטעי מסילה באורך של 300 מטרים.
הכוחות חצו את התעלה שרוחבה היה כ 150 מטרים בשחייה מבלי להתגלות תוך התגברות על זרם חזק בתעלה והציבו את המטענים, המסילות חובלו והכוחות שבו מבלי שנתגלו והפעולה הסתיימה בהצלחה מלאה וללא נפגעים משני הצדדים, הפעולה תוחקרה בידי אלוף פיקוד דרום ישעיהו גביש שהביע הערכתו למבצעיה על דבקותם במטרה, המענה המהיר ויסודיות הביצוע.

 מבצע נועה

ב-25 בדצמבר 1969, מילטו לוחמי זרוע הים את ספינות שרבורג מצרפת. ספינות אלו חמקו באישון לילה בשעה 02:30 לפנות בוקר, בזמן שתושבי העיר היו עסוקים בחגיגות חג המולד. הספינות, שרכישתם תוכננה כבר בסוף שנות ה-60, תוכנו להיבנות במספנה הצרפתית ולהגיע בהמשך לידיים ישראליות אך בעקבות התרחבות האמברגו הצרפתי ב-1968 נוצר מצב בו חלק מהספינות שהוזמנו הוחזקו והיה צורך למלטן. לשם כך, החל תכנון מילוט הספינות במחצית השנייה של 1969. כדי להטעות את הצרפתים הוקמה בפנמה חברה בשם 'סטארבוט' שביקשה לרכוש את הספינות לחיפוש נפט. הצרפתים אישרו את העסקה והישראלים החלו בהכנות שכללו הטסת אנשי צוות לצרפת ורכישת מזון וציוד תחת מעטה של חשאיות.                                                                                                                                                                                                ספינות הטילים היו ספינות קלות ומהירות שבאפשרותן לשאת מערכות נשק מתקדמות. כלים אלו היו מתאימים יותר לתווך הלחימה הימי החדש ובכך להחליף את המשחתות והטרפדות הישנות והאיטיות. שמות הספינות שמולטו הן: אח"י סופה, אח"י געש, אח"י חרב, אח"י חנית ואח"י חץ.  כשבוע ימים לאחר יציאתן, מכן הגיעו הכלים ולוחמיהם ארצה בשלום. הצלחת המבצע עוררה גל של אהדה כלפי מדינת ישראל והערצה כלפי תושייתם של מתכנני המבצע ואנשי זרוע הים. מפקדי המבצע היו אל"ם הדר קמחי, לימים סגן מפקד זרוע הים וסא"ל עזרא קדם.