לאחר חטיפת שני החיילים אהוד גולדווסר ואלדד רגב ביולי 2006, פתחה ישראל במלחמת לבנון השנייה. חיל הים הטיל סגר על נמלי לבנון, ולוחמי שייטת 13 ערכו פשיטות רבות בשטח לבנון. באחת מהן זכה רופא של אחד הכוחות בעיטור המופת על תפקודו.
בערב ה- 14.7.06 נפגעה אח"י "חנית", סטי"ל מסוג סער 5, מטיל חוף-ים שנורה על ידי חיזבאללה. באירוע נהרגו 4 חיילים.