במלחמת לבנון הראשונה בלטה הזרוע בביצוע פעולות סיוע לכוחות היבשה, כמו הנחתת כוחות והעברת אספקה לצד הפגזת חוף והטלת מצור ימי.

על אף ששנה לפני פרוץ המלחמה נחתם הסכם הפסקת אש אל מול ארגון הטרור אש"ף (הארגון לשחרור פלסטין), הארגון המשיך להפר אותו על ידי ביצוע פיגועים בישראל ונגד מטרות ישראליות ויהודיות בחו"ל. בחודש יוני 1982, מחבלים פלסטיניים תכננו התנקשות בשגריר ישראל בבריטניה, שלמה ארגוב ז"ל, והצליחו לירות עליו מטווח אפס. בעקבות זאת, צה"ל הפציץ תשעה מתקני אש"ף בלבנון, אירוע שהוביל להפגזה כבדה של הארגון על יישובי הצפון ולפתיחת המלחמה.

בימיה הראשונים של המלחמה, זרוע הים סייעה לכוחות היבשה באמצעות הנחתת כוחות צנחנים, שריון, תותחנים וכוחות לוגיסטיים בחוף הלבנוני סמוך לנהר האוואלי. מבצע ההנחתה אובטח על ידי ספינות טילים, צוללות וכלי הביטחון שוטף. במהלך המלחמה, שייטת 13 הייתה אחראית על אבטחת חוף הנחיתה ועל ביצוע מארבים קרובים לחוף האויב. שייטת הצוללות הייתה אחראית על איתור מחבלים ועל הבטחת חופש הפעולה הימי לצד שייטת 3, שסייעה מעבר לכך גם במתן סיוע אש. ביטחון השוטף היה מוטל על פלגות הדבורים שהיו אחראיות באותה עת גם על משימת אבטחת הנחתות.

בחודש אוגוסט, בעקבות הסכם הפסקת אש, פינה צה''ל את אזור העיר ובתמורה 14,000 מחבלים וחיילים עזבו את ביירות, כאשר 8,000 מהם עזבו באמצעות הנתיב הימי למדינות ערביות מרוחקות.

כל הכוחות הישראליים שבו לביתם בשלום ולא נגרם נזק כלל לכלי זרוע הים.