ב-17.3.1948 הוקם השירות הימי. על שירות זה הוטל לקיים תפקידי הגנה בים, בכל היקפם. הגרעין האנושי ממנו הורכב השירות הימי כלל את אנשי הפלי"ם, חניכי האגודות הימיות - "הפועל", "זבולון", "צופי-ים" ו"אליצור", משוחררי הצי הבריטי במלחמת העולם השנייה, מתנדבים יהודים אמריקאיים (בוגרי בי"ס הימי בצ'ווטויקיה). אליהם יש להוסיף יורדי ים עבריים. בראש השירות הימי עמד גרשון ז'ק (איש מפא"י) בעל ידע מוגבל בכל הקשור לתחום הימי ועל כן הוא הסתייע בלובה אליאב ובשמעון ינאי - מפקד הפל"ים האחרון וביורדי ים מצי הסוחר. חשוב לזכור כי אלו ימים של מלחמה, פלישת מדינות ערב לא הותירה זמן רב להתארגנות. רכישת כלי שיט בזמן כה קצר הייתה בלתי אפשרית ולכן פנו מארגני השירות הימי ל"צי הצללים" - אוניות מעפילים שנתפסו ע"י הבריטים והועמדו בשולי נמל חיפה. מצבן של האוניות היה בכי רע - אולם היו ללא שמירה, כלומר נגישות למשחררי חיפה מסוף אפריל 1948. האוניות עמדו זמן רב ללא כל טיפול ולכן מצבן היה גרוע למדי - חלודה,חלקים חסרים ועוד. לצורך השימוש בהם גויסו עובדים מקצועיים רבים ובסיוע בעלי מלאכה יהודיים שעסקו בתיקון כלי שיט בתקופת המנדט.

להלן אוניות "צי הצללים" שהוכשרו מחדש לצורכי השירות הימי:
1. אח"י אילת א-16: שוברת קרח בדחי 2050 טון, בשם "נותרלנד "שקיבלה עקב כך את הכינוי "צפונית" כשם קוד של "המוסד לעלייה ב'". הייתה בשירות הצי האמריקאי בזמן מלחמת העולם השנייה ונרכשה ע"י המוסד לעלייה ב' בשנת 1946 ושמה הוסב ל"מדינת היהודים"-אותה אונייה שהביאה ארצה 2,000 מעפילים מרומנייה. האונייה נתפסה ע"י הבריטים והוחזקה בנמל חיפה. אונייה זו הייתה במצב הטוב ביותר ולכן אין זה מקרה שהייתה זו שיצאה ראשונה מנמל חיפה ונכנסה לשירות פעיל כבר בתאריך - 21.5.1948 והייתה לספינת הקרב הראשונה. חשוב לציין כי הייתה איטית ובעלת כושר תמרון ירוד,תפקידה היה ליווי כלי שייט ואבטחת חופים.
2. וודג'ווד ק-18: קוברטה קנדית בדחי 1350 טון.נבנתה בתקופת מלחמת העולם השנייה,הוצאה משירות פעיל והועברה לאיטליה שם קיבלה את שמה, נתפסה ע"י הבריטים בקיץ 1946 והוחזקה בחיפה. מצבה היה גרוע מאוד והטיפולים ארכו זמן רב ולבסוף הייתה כשירה בתאריך 9.6.1948. כושרה הקרבי היה גבוה יחסית - מהירה, בעלת כושר תמרון סביר והיו בה בסיסים לתותחים.
3. הגנה ק-30: קוברטה תאומה ל "וודג'ווד" וסיפורן אף דומה. העבירה מעפילים מצרפת ונתפסה כשל סיפונה כ-2,700. נכנסה לשירות פעיל ב-18.7.1948. שמה שונה מאוחר יותר לאח"י שומר.
4. התקווה ק-22: אוניית משמר אמריקאית מיושנת. נקנתה מארה"ב והביאה מעפילים מאיטליה. נתפסה ב-1944 ליד חיפה כשעל סיפונה 1,400 נוסעים. יצאה לשירות פעיל ב-9.6.1948. בסופו של דבר לא התאימה לפעולות צבאיות ונמסרה לרשות המוסד לעלייה.
5. מעוז ק-24: יאכטה מברזל שנרכשה ע"י האצ"ל, העבירה מעפילים מצרפת ונתפסה ב-8.3.1947 כששמה היה "בן הכט". האונייה הוכשרה להיות ספינת אם ליחידה לחבלה ימית וזה היה עיקר פועלה במלחמת העצמאות.
כך למעשה הוקמה שייטת 1, "השייטת הגדולה" בפיקודו של סאמק ינאי. תפקידה במלחמת העצמאות היה סיוע לכוחות היבשה בטיהור החוף, הטלת סגר ימי על ערי רצועת עזה, הגנה על אוניות שהובילו נשק ותחמושת למדינת ישראל. אל שייטת 1 יש להוסיף את היחידה לחבלה הימית שהייתה קיימת עוד בתקופת המנדט שלימים הפכה לשייטת 13 בפיקודו של יוחאי בן נון. במקביל לפרוץ המלחמה נעשתה מהפכה במושכי הטקטיקה, אסטרטגיה ושירותי החוף והאימונים.
בהגדרת תפקידי חיל הים כתב רא"ל יגאל ידין, הרמטכ"ל השני:
"התפקידים העומדים על הפרק, בעתיד הקרוב, מחייבים הגדלה מספרית והרחבה ארגונית של כוח המחץ הימי. התפקידים העיקריים הם:
1. אבטחת חופים
2. הבטחת הנמלים
3. פעולות נגד בלוקדה אפשרית של ארצות ערב
4. נחיתה מהים, נגד מטרות בעומק האויב, בתוך הארץ ומחוצה לה
5. הבטחת תחבורתנו הימית, בעיקר העלייה"

יחסי הכוחות במלחמת העצמאות:
פרט למצרים לא היה למדינות ערב צי בעל ערך.
לרשותו של הצבא המצרי היו ארבע אוניות מחומשות בתותחים, שמונה שולות מוקשים קטנות, אונית בית המלכות במצרי, ארבע ספינות משמר עם תותח 37 מ"מ, שתי סירות מוטור, עשרים אסדות נחיתה קטנות ועוד אחת גדולה. בסיסיו העיקריים של הצי המצרי היו אלכסנדריה ופורט סעיד שהיו מצוידים במתקנים ראויים לשירות צי מלחמה. נמלים אלה היו אף מסודרים בכל הקשור לעמדות הגנה.