מבצע 'אבק דרכים'
ב-30 במאי 1990 סוכל ניסיון חדירה של ארגון אש"ף (ארגון שחרור פלסטין) על ידי כלי זרוע הים. לביצוע פיגוע הטרור נשלחו כ-20 מחבלים חמושים על גבי סירות מהירות. מטרתם הייתה לפגוע באחת מרצועות החוף המאוכלוסות במדינת ישראל לצד פגיעה בכלי שיט של זרוע הים הישראלית.
ב-27 למאי הפליגו המחבלים ממפרץ הממוקדם מזרחית לבנגאזי (עיר בלוב) על גבי אונייה שהייתה אמורה להביא את המחבלים לנקודה ההורדה בסמוך לישראל. לפני יציאת המחבלים, המודיעין הימי החל לקבל דיווחים אודות התארגנות הפעילים ובעקבות כך תוגבר מערך הביטחון השוטף בהתאם. בנוסף, גם סיורי האוויר התעצמו ושעות הים של ספינות הטילים וכלי הבט"ש גדלו באופן משמעותי. כתוצאה מכך, הספינה שהייתה אמורה להביא את המחבלים התעכבה והדלק שלה אזל עוד לפני שהתקרבה לחופי ישראל. כאשר המחבלים הגיעו לקרבת החוף, מש"א (מוצב שליטה אזורי) ארז זיהתה את אחת מספינות המחבלים ושלחה את הדבורים לאזור, שם מפקד הספינה הכריז על המטרה כפח"ע (פעילות חבלנית עוינת) וודאי.
"אחרי לילה ללא שינה, קיבלנו בקשר הנחייה לזהות מטרה שנמצאת מול חופי געש", סיפר רס"ן שי שמש, מפקד דבור בפלגה 916 דאז וממסכלי האירוע. "ניגשנו אל המטרה החשודה וראינו סירה ירוקה שעמדה במקום. על הסירה היו חמישה חשודים שניסו לשווא להשתמש בנשק שלהם כדי לפגוע בנו, כשהבינו שאין להם אמצעים הם נכנעו. הייתה התרגשות גדולה בקרב הצוות כי הבנו שאנחנו חלק ממשהו גדול", הוסיף.
מעבר לכלי השיט של זרוע הים שסיכלו את כלי השיט של המפגעים אחד אחרי השני, השתתפו במאמצי הסיכול גם מערך השליטה החופי של זרוע הים וכוחות נוספים מזרוע היבשה וחיל האוויר. תוך שיתוף פעולה יוצא דופן הכוחות הביאו לסיכול מוחלט של הפח"ע מבלי שאף אזרח ישראלי או לוחם נפגעו וכך מנעו מארגון הטרור להשיג את מטרותיהם. בסיום האירוע נלכדו שלוש סירות טרור, נהרגו ארבעה מחבלים ונעצרו 12 נוספים.
מבצע 'דין וחשבון', פשיטה על מפקדת החזית העממית
ב-27 ביולי 1993 במסגרת מבצע "דין וחשבון" זרוע הים הפגיזה ופשטה על מפקדת החזית העממית של אחמד ג'יבריל. כוחות קומנדו שביצעו את הפשיטה, חיסלו שלושה מחבלים ופצעו רבים נוספים. ספינות הטילים שהובילו את אותם לוחמי הקומנדו, ביצעו ירי מהים ופגעו במתקן האימונים. בהמשך המבצע, הטילו ספינות הטילים סגר ימי בגזרת צור-צידון. ספינות הטילים הישראליות סיירו לשם הפגנת נוכחות ומנעו פעילות חבלנית ימית.
מבצע "דין וחשבון" היה מבצע צבאי שהחל ב-25 ביולי 1993 בעקבות ירי הקטיושות הלא פוסק לעבר יישובי הצפון. המבצע הסתיים שבוע לאחר מכן לאחר ששני הצדדים הגיעו להשגות. במסגרת המבצע נהרגו 50 אנשי חיזבאללה וכ-40 נפצעו.
מבצע "ענבי זעם"
ב-11 באפריל 1996 חל מבצע "ענבי זעם" במהלכו זרוע הים ביצעה תקיפות כנגד מטרות של ארגון הטרור חיזבאללה והטילה סגר ימי . על אף הסכם הפסקת האש שנקבע לאחר מבצע "דין וחשבון", חודש ירי הרקטות אל עבר היישובים בצפון. בנוסף, התקופה שלפני המבצע התאפיינה בפיגועי התאבדות רבים שפגעו קשות בתחושת הביטחון של אזרחי ישראל.
ספינות הטילים של זרוע הים הטילו מצור על נמלי צור, צידון וביירות תוך הפגזת מטרות הנמצאות צפונית לרצועת הביטחון. בנוסף, בוצעו סיורים אל מול חופי לבנון במטרה למנוע כל ניסיון פעילות טרור דרך הים.
המבצע הסתיים ב-27 באפריל לאחר שהצדדים הגיעו להסכם הפסקת אש. בין ההשגות: איסור מוחלט של ירי קטיושות משטחי לבנון לתחומי מדינת ישראל.
מבצע 'שירת הצפצפה', אסון השייטת
כחודש לאחר פשיטת כוח גולני על כפר בשם אל כפור בלבנון (מבצע "טרף קל") יצאו לוחמי שייטת 13 למבצע "שירת הצפצפה". מטרת הפעולה הייתה להניח מטענים נגד בכיר בארגון אמל (גדודי ההתנגדות הלבנונית) בסמוך לעיירת החוף אנצרייה. לפני ביצוע הפעולה נאסף מודיעין באמצעות מזל"ט (מטוס זעיר ללא טייס) צה"לי ששידר תמונות מהאזור במשך יותר משבועיים. בדיעבד התברר כי התמונות הועברו בערוץ לא מוצפן וכי ארגון הטרור חיזבאללה קלט את השידורים והתכונן לפשיטה מראש באמצעות מארבים.
בליל הארבעה בספטמבר 1997, הפליג כוח הקומנדו הימי שהורכב מ-16 לוחמים על גבי ספינת טילים. לאחר הפלגה קצרה בסירות גומי ושחייה לחוף, הגיע כוח הקומנדו לחוף והחל בתנועה יבשתית לכיוון היעד. עם התנועה ליעד החלו להתפוצץ מטעני נפץ. הפיצוץ גרם לנתק בין הכוח הקדמי לכוח העיקרי. קריאות בערבית ויריות לעבר הכוח הקדמי החלו להישמע, דבר אשר חיזק את הטענה כי היה מדובר במארב מתוכנן של הארגון טרור. הלוחמים השיבו אש תוך שימוש באמצעים לראיית לילה.
במהלך הקרב התפוצץ גם מטען שנשא הכוח האחורי.
לוחמי הקומנדו העבירו דיווח בקשר הישראלי אודות מיקומם ומצב הלוחמים וכוח החילוץ הוזעק.
כוח החילוץ הראשוני, שמנה 12 לוחמים, נחת במקום בשעה 00:30 והחל בפינוי ההרוגים והפצועים. במהלך הפינוי חלף רכב בסמוך לכוח ולאחר קרב יריות כנגדו, נהרג הרופא שנלווה לכוח, סרן ד"ר מאהר דגש ז"ל.
כארבע שעות לאחר מכן נחת מסוק ופינה את הלוחמים שנותרו בלבנון. גופתו של אחד ההרוגים, רס"ל איתמר איליה ז"ל, נותרה בשטח והוחזרה לישראל ביוני 1998 יחד עם חלקי גופות של חיילים נוספים שנהרגו בפעולה כחלק מעסקת חילופי גופות.
במהלך הפעולה נהרגו 12 לוחמים. לזכר הנופלים הוקמה אנדרטה בחוף שבי ציון, בו ישנן 12 טבלאות של סלע הנשענות זו על זו ונוטות צפונה לעבר לבנון. בנוסף, על חרתומה של ספינת הטילים מדגם סער 4, אח"י כידון, רותכו 12 כיסאות עם שמות הלוחמים שנפלו בפעולה.
יהי זכר החללים ברוך.