כניסת טרפדות לשירות בזי"ס
בעקבות האיום המצרי המתמשך על חופש השייט במצרי טיראן נדרשה מפקדת חיל הים לתת מענה לבעיית האחיזה בים
סוף, בהתאם לכך הוחלט בקיץ 1955 על הקמת כוח לחימה ימי במפרץ אילת.
לצורך כך נבנו נבנו עבור חיל הים במספנת בגלייטו (Bagliato) שבאיטליה שלוש טרפדות (ספינות טורפדו), מאחר ובשל
חסימת מצרי טירן לא ניתן היה להעביר את הספינות בדרך הים לאילת הוגבל אורכן ל-16 מטרים, על מנת שתתאפשר
העברתן באמצעים יבשתיים.
בינואר 1957 הגיעו הטרפדות החדשות אח"י אופיר (ט-150), אח"י שבא (ט-151) ואח"י תרשיש (ט-152) שזכו לכינוי
"הטרפדות האיטלקיות" על גבי אונייה לחיפה. במבצע לוגיסטי מורכב הוסעו הטרפדות על גבי קרונות רכבת לבאר שבע
ומשם על גבי משאיות ונגררים מובילי טנקים דרך 'מעלה עקרבים' המפותל, הנתיב היחיד באותה עת לאילת.
יחידת הטרפדות החדשה זכתה לשם שייטת 15 ומפקדה הראשון היה סא"ל יעקב עציון.
עקב מימדיהן הקטנים התקשו הטרפדות האיטלקיות בהפלגה בים גלי ובהיותן חמושות בטורפדו נמנעה הגעתן למהירות
גלישה, על כן חומשו בעת משימות בט"ש בתותחים בלבד.
במהלך מלחמת ששת הימים השתתפו טרפדות שייטת 15 בהפלגה דרך מצרי טיראן, בכיבושו ללא קרב של מעגן שארם א-
שייח' ובתפיסת סירות דייג שעל סיפונן לוחמי קומנדו מצריים, בשנת 1968 הוצאו הטרפדות האיטלקיות משירות בחיל
הים לטובת כלי שייט עמידים יותר בתנאי ים ועדיפים בכח אש.
אובדן הצוללת אח"י דקר צ-77
בתשעה בינואר 1968 יצאה הצוללת אח"י דקר, הצוללת השניה מדגם T Class שנרכשה עבור חיל הים, הצוללת הושקה בשנת 1943 עבור הצי הבריטי תחת השם HMS Totem ונטלה חלק בלחימה בסופה של מלחמת העולם השנייה, במהלך שנות ה 50' שופצה ובשנת 1965 רכשה על ידי חיל הים.
הצוללת עברה שיפוצים והתאמות לתפיסת הלחימה של חיל הים וצוותה עבר אימונים אינטנסיביים לצורך הסמכתו ולקראת ההפלגה לארץ,
בתשעה לינואר יצאה הצוללת מנמל פורטסמות' שבאנגליה תחת פיקודו של רס"ן יעקב רענן ולאחר חניית ביניים בבסיס הצי הבריטי בגיברלטר
המשיכה במסעה לכיוון נמל חיפה.
ב- 25 בינואר 1968 בשעה 00:02 התקבל שידור הביקורת האחרון מהצוללת ומאז נותק עימה הקשר, לאחר חיפושים אינטנסיביים הוכרזה
הצוללת כאבודה. כשנה לאחר מכן אותר מצוף ההנצלה של הצוללת בחוף רצועת עזה ו 69 אנשי צוותה הוכרזו לאור מציאתו כחללים שמקום קבורתם לא נודע.
לאחר 31 שנות חיפושים וכתוצאה מהתפתחות הטכנולוגיה לאיתור במים עמוקים נמצאו שרידי הצוללת בלב ים על נתיב תנועתה המתוכנן, בעומק של כשלושה ק"מ, במהלך מחקר שבוצע באתר נמצא כי הסיבה לאובדנה היא ככל הנראה תקלה טכנית במערכות הצוללת, גשר הצוללת נשלה ממעמקי הים והוצב להנצחה במוזיאון ההעפלה וחיל הים בחיפה.
הפלגת אח"י דולפין (דגם T) ארצה
ב-16 בינואר 1968 יצאה הצוללת אח"י דולפין (צ-79, מדגם T )לכיוון ישראל מנמל פורתסמות' שבאנגליה.
אח"י דולפין נבנתה בשנת 1942 עבור הצי הבריטי ונקרה טרנצ'ן (HMS Truncheon). רכישתה על ידי זרוע הים הישראלית נשמרה בסוד ולכן דבר הגעתה ארצה עוררה הדים בתקשורת, שכן חשבו כי מדובר בצוללת אח"י דקר.
היא שופצה במספנת זרוע הים, בניגוד לאח"י לוויתן ואח"י דקר ששופצו לפני הפלגתן באנגליה. השקתה הייתה ב - 12 בפברואר 1970.
מבצע 'רודוס', 'מבצע שדואן', מלחמת ההתשה
ב-22 בינואר 1970, במסגרת מבצע הפשיטה "רודוס" על האי שדואן שבים סוף נחתת הטנקים, אח"י בת שבע, פינתה ציוד ואמצעי לחימה מצריים. מטרת המבצע, בו השתתפו כוחות צנחנים וחיל האוויר, הייתה לקיחת שבויים מצריים כקלפי מיקוח והמשך התשת הצבא המצרי. כוח צנחנים השתלט על האי וחיל האוויר טיבע 2 טרפדות מסוג P-183 שניסו להזעיק תגבורת מצרית לאי.
לחיל המצב המצרי באי היו 30 הרוגים ו-62 שבויים ולצה"ל היו שלושה הרוגים ושבעה פצועים.
יומיים לאחר סיום הפשיטה, ב-24 בינואר, התרחש באילת אסון משאית התחמושת. באסון זה המשאית שנשאה את המוקשים שפונו מהאי שדואן במבצע, נתקעה כשירדה מדלת הנחתת אח"י בת שבע. חיילים מיחידות שונות, אנשי צוות הנחתת ופועלי המספנה נקראו לחלץ את המשאית, אך תוך כדי דחיפתה אירע פיצוץ שגרם למותם של 24 חיילים ואזרחים עובדי צה"ל ולפציעתם של רבים.
מבצע 'ברדס 20'
מבצע "ברדס 20" הוא פעולת פשיטה שנערכה על ידי לוחמי שייטת 13, שייטים מיחידה 707 (לימים ילת"ם) וכוחות צנחנים בלילה שבין ה-14 ל-15 בינואר 1971 על בסיסי אימונים של מחבלים המשויכים לארגון פת"ח בלבנון.
הרקע לביצוע המבצע היה בתחילת שנת 1971, במהלכה נתפסו חמישה מחבלים שיצאו בסירת גומי מלבנון והצליחו להגיע לחוף אכזיב. מחקירתם התברר שהפעילות הימית של הארגון מתרכזת באזור העיירה 'סרפנד', הממוקמת 12 ק"מ מדרום לצידון, וכי במקום נמצאים 24 מחבלים המיועדים לעבור קורס צלילה וחבלה ימית. בנוסף, התברר כי מפקד הגזרה, המכונה 'אבו יוסוף', מתגורר בקרבת האזור.
כוחות הפשיטה הימיים הגיעו באמצעות ספינות טילים וסירות גומי בעוד כוח הצנחנים הגיע באמצעות מסוקים מטייסת "דורסי הלילה", כך שאת פעולת הפשיטה עצמה ביצעו הן מהתווך הימי והן דרך התווך האווירי בו זמנית.
המבצע נחל הצלחה כבירה: לכוחות האויב נהרגו כשמונה מחבלים וכשבעה נוספים נפצעו, בעוד לכוחות צה"ל נפצעו חמישה לוחמים. הצלחה נוספת שהמבצע נחל הוא שיבוש פעילותם של המחבלים בתווך הימי. המבצע היה ביצוע משולב ראשון של זרועות הים-אוויר-יבשה בהיקף רחב ובעומק האויב. הצלחת המבצע הפיחה גאווה וביטחון בצבא כבסיס למבצעים בעתיד.
חילוף מח"י, אלוף אברהם בן שושן
ב-31 בינואר 1985 אלוף זאב אלמוג סיים את תפקידו כמפקד זרוע הים והוחלף על ידי אלוף אברהם בן שושן.
במהלך שירותו הצבאי אלוף אלמוג פיקד על שייטת 13 ועל בסיס חיפה. בנוסף לכך, תפקד במלחמת יום הכיפורים כמפקד זירת ים סוף, אשר הביאה לשיתוק הצי המצרי במפרץ סואץ.
הוא שימש כמפקד הזרוע כשש שנים. תחת פיקודו, עודכנה תורת הלחימה ושונה המבנה הארגוני.
לכידת שתי אוניות מעבורת נושאות מחבלים
בשני בינואר 1987 נלכדו שתי אוניות מעבורת ועליהן מחבלים ואמצעי לחימה על ידי ספינות זרוע הים. האוניות היו בדרכן מקפריסין ללבנון.
חילוף מח"י, אלוף אלכס טל
באחד בינואר 1996 אלוף עמיחי (עמי) איילון סיים את תפקידו כמפקד זרוע הים והוחלף על ידי אלוף אלכס טל.
במהלך שירותו הצבאי אלוף איילון פיקד על שייטת 13, היה מפקד בסיס אשדוד, חיפה וכן ראש מספן ים. בנוסף לכך השתתף בפשיטה על האי גרין, ועל פעולותיו זכה בעיטור הגבורה.
הוא שימש כמפקד הזרוע כארבע שנים, במהלכן נקלטו הצוללות מדגם הדולפין וספינות הטילים מדגם סער 5.
הטבעת הסטי"ל אח"י מזנק (דגם סער 2)
בשמונה בינואר 1996 הוטבעה ספינת הטילים אח"י מזנק (דגם סער) לאחר שיצאה משירות. הספינה נכנסה לפעילות במהלך חודש מאי 1968 ושירתה כ-28 שנים עד הטבעתה. הספינה היא השלישית בסדרת ספינות הסער שהגיעו מנמל 'שרבורג'. במהלך שנותיה השתתפה הספינה במגוון מלחמות כמו מלחמת יום הכיפורים, מלחמת ההתשה וכן במגוון רחב של מבצעים כמו מבצע "ברדס 20", מבצע "אביב נעורים". אחד מהקרבות הכי מפורסמים בהם הספינה לקחה חלק הוא קרב לטקיה, קרב טילי הים-ים הראשון בעולם.
מקום הטבעתה הוא מערבית לחיפה במרחק של שלושה קילומטרים והיא משמשת כיום כאתר צלילה בעומק של 33 מטרים.
חילוף מח"י, אלוף יערי
בשני בינואר 2000 אלוף אלכס טל סיים את תפקידו כמפקד זרוע הים והוחלף על ידי אלוף ידידיה יערי.
במהלך שירותו הצבאי אלוף טל לקח חלק פעיל באירועי דגל רבים של זרוע הים, ביניהם פיקוד בספינת הטילים הראשונה אח"י מבטח, השתתף במבצע נועה בו הוברחו ספינות טילים ממספנות שרבורג, בקרב לטקיה וכן כיהן כראש משלחת משרד הביטחון בשגרירות ישראל בצ'ילה. הוא שימש כמפקד הזרוע כארבע שנים ובתקופתו נמצאה הצוללת אח"י דקר.
מבצע "תיבת נוח", תפיסת אוניית הנשק 'קארין A'
בשלושה בינואר 2002 השתלטה זרוע הים על אונית הנשק 'קארין A', שניסתה להבריח אמצעי לחימה מאיראן לשימוש הרשות הפלסטינית בעזה. תכנונה המקורי של האונייה היה להבריח אמצעי לחימה מנמל קיש שבאיראן, דרך תימן ותעלת סואץ אל עזה, כאשר על תורן הספינה מונף דגל טונגה.
ב-11 בדצמבר 2001 הגיע לישראל מידע מודיעיני לפיו הרשות הפלסטינית, בסיוע מספר חברות קש, רכשה את האונייה. לאחר שהתקבל המידע, נכנסה האונייה למעקבם של גורמי המודיעין הישראליים. התברר כי ברכישת ובהפעלת האונייה מעורבים מספר בכירים פלסטינים אשר עסקו גם בניסיון הברחת האונייה "סנטוריני" שנלכדה כשנתיים לפני כן. איסוף המידע התבצע בשיתוף פעולה הדוק עם ארצות הברית וה-CIA.
ביום לכידת האונייה, כאשר היא שייטה בין ערב הסעודית לסודאן, הגיעו מסוקי חיל האוויר ומתוכם השתלשלו לוחמי שייטת 13, אותם הובילו מפקד השייטת דאז, אל"ם רם רוטברג (לימים מפקד זרוע הים) ומפקד פלגת לוחמים, סא"ל דרור פרידמן (כיום ראש המטה הזרועי). הלוחמים השתלטו על הספינה ועל אנשי צוותה במהירות ותוך שימוש בקרב מגע, מבלי להשתמש בנשקם.
איש מצוות הספינה לא גילה התנגדות ונתפסו עשרה נוסעים: שני קציני המשטרה הפלסטינית, שלושה אזרחים לבנוניים (ביניהם פעיל חזבאללה אחד) וחמישה אזרחים מצריים. משך ההשתלטות הכולל על הספינה ארך כשבע דקות בלבד.
במקביל הגיעו למקום לוחמים נוספים מהיחידה באמצעות סירות גומי מהירות ששוגרו מאונית זרוע הים. מעל המקום ריחפו מסוקי קרב של חיל האוויר ומסוקי יסעור שעליהם לוחמי יחידת החילוץ 669, ומעליהם טסו מטוסי מודיעין, צילום ותדלוק, ומטוסי F15 שהבטיחו את העליונות האווירית.
על תורן האונייה הונף דגל ישראל והיא הובלה למפרץ אילת, שם התגלה כי על האונייה הועמסו אמצעי לחימה במכלי אטימה המיוצרים באיראן. על גבי האונייה היו כ-50 טון נשק, שהכיל בין היתר: רקטות מדגם קטיושה, מרגמות, טילי לאו, רובים מסוג "דרגונוב",AK-47 קלאשניקוב, טילי רעד, מטולי R.P.G ומוקשים.
לתפיסת אונית הנשק הייתה תרומה רבה, שכן התחלחלה ההבנה כי יאסר ערפאת, שמימן את הנשק והמשא על הספינה, אינו עומד בהסכמי אוסלו.