ירי רקטות לעבר בסיס זרוע הים, מלחמת ההתשה
בשלושה במאי 1970 חולית קומנדו ימי של הצי המצרי ירתה 15 רקטות לעבר בסיס זרוע הים בא-טור שבמפרץ סואץ. לא נגרם נזק.
טיבוע סירת הדיג 'אורית', מלחמת ההתשה
ב-13 במאי 1970 ספינת טילים מצרית מדגם אוסה ירתה ארבע טילי סטיקס לעבר ספינת דיג ישראלית בשם 'אורית' וגרמה לטביעתה ולהריגת שניים מאנשי צוותה. צוות סירת הדיג היה מורכב מארבעה אנשים ובהם רב-חובל, שעסקו באותה עת בדיג באזור ימת ברדוויל. עם ירי טילי הסטיקס נהרג רב החובל במקום והמכונאי נפצע ומת למחרת. שני הימאים הנותרים, שחו במשך יממה עד שהגיעו לחוף.
לפני אירוע זה, הניחה זרוע הים כי טילי הסטיקס שתוכננו נגד אוניות גדולות לא יצליחו לפגוע במטרות קטנות, אך טיבוע סירת הדיג הוכיח כי הטיל אפקטיבי גם במקרה הזה. בעקבות זאת, גובש מענה טקטי רחב של אמצעים להתגוננות עבור ספינות זרוע הים הישראלית מפני טילים ובהם לוחמה אלקטרונית, פיזור מוץ ותמרוני התחמקות. אמצעים אלו הוכיחו את עצמם כיעילים ואסטרטגיים במלחמת יום הכיפורים.
חוליית קומנדו מצרית פוגעת באח"י בת גלים, מלחמת ההתשה
ב-15 במאי 1970 חולית קומנדו ימית מצרית הניחה מטעני נפץ תת-מימיים ליד האוניה 'בת-גלים 1' שטובעה חודש קודם לכן בנמל אילת.
בפיצוץ נפגעו 2 צוללים אזרחים שעסקו בחילוצה: אחד נהרג והשני נפצע.
בתגובה, טיבעו מטוסי חיל האוויר בנמל ברניס שבים סוף משחתת מדגם Z, סטי"ל מדגם קומאר ופגעו קשה בנט"ק.
האונייה טובעה חודש קודם לכן בנמל אילת על ידי הקומנדו המצרי.
אוניית סוחר הולנדית לשעבר.
שימשה בתפקידי סיור במפרץ סואץ ובהובלת חיילים ואספקה בזירת ים סוף.
טובעה בנמל אילת על-ידי הקומנדו המצרי ויצאה מהשרות במרץ 1970.
מבצע 'תרנגול', מלחמת ההתשה
ב-13 במאי 1970, במסגרת מלחמת ההתשה, כוח של שייטת 13 פשט על נקודת משמר מצרית. הפשיטה נערכה כ-25 קילומטרים צפונית לראס ע'ריב שבמפרץ סואץ, מצרים. במסגרת המבצע נהרג לכוחות האויב חייל ונפצע אחד נוסף. לכוחות שייטת 13 היה פצוע קל.
פשיטה בלבנון
ב-25 במאי 1971 לוחמי שייטת 13 בשיתוף פעולה עם כוח צנחנים פשט על יעד בלבנון על מנת לפגוע ביכולות המחבלים.
בעקבות אירועי ספטמבר השחור, בהם צה"ל ערך פשיטות בעומק ירדן על ארגוני מחבלים, נאלצו אותם המחבלים לצאת מירדן ולהתבסס בלבנון. לצד הפיגועים שהם ביצעו בדרך היבשתית, החלה התארגנות לביצוע פיגועים בדרך ימית.
אל היעד הגיעו לוחמי השייטת והצנחנים באמצעות ספינות הטילים החדשות, שלהם זו הייתה ההתנסות המבצעית הראשונה בהיקף שייטתי מאז מבצע 'נועה'.
תפיסת אונית 'נקסוס'
ב-15 במאי 1979 נלכדה האונייה 'נקסוס' שהובילה ציוד למחבלים על ידי אח"י מזנק. התפיסה התרחשה כ-30 מייל דרומית-מערבית לטריפולי שבלוב. לאחר שהמטען על גבי האונייה הוחרם על ידי לוחמי זרוע הים, הספינה 'נקסוס' שוחררה.
אח"י מולדת ואח"י קוממיות מפליגות לביקור שלום במצרים
בארבעה במאי 1980 אח"י מולדת ואח"י קוממיות מדגם נדרן (סער 4) ערכו לראשונה ביקור שלום במצרים. הספינות הפליגו לנמל אלכסנדריה שהיווה את בסיסו העיקרי של הצי. הביקור נערך כשנה לאחר חתימת הסכם השלום עם מצרים. זהו אינו ביקור השלום הראשון שנערך, שכן בארבעה בספטמבר 1979 ביקר נשיא מצרים, אנוואר סאדאת, בחיפה בליווי זוג ספינות טילים מדגם אוסה ובמשחתת. אנשי חיל הים המצרי התקבלו בטקס רשמי כאורחים של זרוע הים.
מפקד ההפלגה לאלכסנדריה היה מפקד שייטת ספינות הטילים, אל"ם אברהם בן-שושן, לימים מפקד זרוע הים.
מבצע 'אבק דרכים'
ב-30 במאי 1990 סוכל ניסיון חדירה של ארגון אש"ף (ארגון שחרור פלסטין) על ידי כלי זרוע הים. לביצוע פיגוע הטרור נשלחו כ-20 מחבלים חמושים על גבי סירות מהירות. מטרתם הייתה לפגוע באחת מרצועות החוף המאוכלוסות במדינת ישראל לצד פגיעה בכלי שיט של זרוע הים הישראלית.
ב-27 למאי הפליגו המחבלים ממפרץ הממוקדם מזרחית לבנגאזי (עיר בלוב) על גבי אונייה שהייתה אמורה להביא את המחבלים לנקודה ההורדה בסמוך לישראל. לפני יציאת המחבלים, המודיעין הימי החל לקבל דיווחים אודות התארגנות הפעילים ובעקבות כך תוגבר מערך הביטחון השוטף בהתאם. בנוסף, גם סיורי האוויר התעצמו ושעות הים של ספינות הטילים וכלי הבט"ש גדלו באופן משמעותי. כתוצאה מכך, הספינה שהייתה אמורה להביא את המחבלים התעכבה והדלק שלה אזל עוד לפני שהתקרבה לחופי ישראל. כאשר המחבלים הגיעו לקרבת החוף, מש"א (מוצב שליטה אזורי) ארז זיהתה את אחת מספינות המחבלים ושלחה את הדבורים לאזור, שם מפקד הספינה הכריז על המטרה כפח"ע (פעילות חבלנית עוינת) וודאי.
"אחרי לילה ללא שינה, קיבלנו בקשר הנחייה לזהות מטרה שנמצאת מול חופי געש", סיפר רס"ן שי שמש, מפקד דבור בפלגה 916 דאז וממסכלי האירוע. "ניגשנו אל המטרה החשודה וראינו סירה ירוקה שעמדה במקום. על הסירה היו חמישה חשודים שניסו לשווא להשתמש בנשק שלהם כדי לפגוע בנו, כשהבינו שאין להם אמצעים הם נכנעו. הייתה התרגשות גדולה בקרב הצוות כי הבנו שאנחנו חלק ממשהו גדול", הוסיף.
מעבר לכלי השיט של זרוע הים שסיכלו את כלי השיט של המפגעים אחד אחרי השני, השתתפו במאמצי הסיכול גם מערך השליטה החופי של זרוע הים וכוחות נוספים מזרוע היבשה וחיל האוויר. תוך שיתוף פעולה יוצא דופן הכוחות הביאו לסיכול מוחלט של הפח"ע מבלי שאף אזרח ישראלי או לוחם נפגעו וכך מנעו מארגון הטרור להשיג את מטרותיהם. בסיום האירוע נלכדו שלוש סירות טרור, נהרגו ארבעה מחבלים ונעצרו 12 נוספים.
לוחמי הבט"ש מסכלים פיגוע
ב-19 במאי 1997 סיכלה ספינת דבורה מפלגה 914 (האמונה על הביטחון השוטף בזירה הצפונית) ניסיון פיגוע של סירת תופת, מערבית לראס חמרה ודרומית לרשדייה. הסירה הייתה סירת דיג אשר התפוצצה בטווח 500 יארד (כ-450 מטרים) מהדבורה.
כתוצאה מהאירוע נאסרה על הלבנונים פעילות ימית בין צור לראס ביאדה.
מציאת הדקר
ב-28 במאי 1999, למעלה מ-31 שנה לאחר היעלמה, נתגלתה הצוללת 'דקר' בעומק 2,900 מ', בנתיב השיט המקורי, דרומית מזרחית לכרתים, 250 מייל מחופי הארץ. הצוללת אותרה במהלך חיפושים שהחלו בתחילתו של אותו חודש ע''י חברת 'נאוטיקוס' בליווי כלי שיט אזרחיים ובפיקוח צוות מחיל הים.
באתר מציאת שרידי הצוללת בוצע באוקטובר 2000 מחקר מקיף, האתר תועד בקפידה וממצאיו נותחו, גשר הפיקוד, מדי אחד מאנשי הצוות, בית מצוף ההנצלה וחלקי צוללת נוספים נשלו לצורכי מחקר והנצחה.
פינוי מוצב "רותם" בראס ביאדה
ב-13 במאי 2000 פונה מוצב "רותם" בראס ביאדה מכוח ישראלי במסגרת נסיגת צה"ל מלבנון. המוצב היה שייך לזרוע הים ומיקומו היה על שפת הים התיכון בשטח רצועת הביטחון בלבנון, צפונית לראש הנקרה. במוצב שהו באופן סדיר פלוגת חי"ר לשם אבטחת החיילים והייתה בה תחנת מכ"ם ימית.
המוצב ספג באופן קבוע פגיעות מאש מחבלים שנורו מהכפר הסמוך מנסורי. המוצב נחשב באותה תקופה למוצב הצפוני ביותר של צה"ל ומשום כך שימש כנקודה אסטרטגית בעיקר לזרוע הים שהשקיפה ועקבה אחר תנועת כלי שיט באזור. בנוסף לכך, ניתן היה לעקוב מהמוצב אחר הפעילות הקרקעית של חזבאללה בבסיסיו שמצפון לרצועת הביטחון.
תפיסת אונית הנשק 'סנטוריני'
בחמישה למאי 2001 לכדה זרוע הים את אונית הנשק "סנטוריני" אשר נשלחה על ידי "ארגון החזית העממית לשחרור פלסטין - המפקדה הכללית" אל הרשות הפלסטינית.
כארבעה ימים לפני כן, יצאו אח"י "עלייה" ודבורה מפלגת הביטחון השוטף 914 לביצוע סיור לאיתור הברחות אמל"ח. במהלך סיור זה, הכוח הבחין ב"סנטוריני" כשהיא משייטת בלב הים. בצילומים נראה כי על גבי כלי השיט ישנן חביות ובהן על פי החשד אמצעי לחימה. זרוע הים העבירה את המידע למפקדים הבכירים במטכ"ל והחלה בנוהל מזורז למעצרה.
בתכנונה המקורי של אונית ה"סנטוריני" היה להטיל את החביות ובהן מצבור הנשק לים אל מול חופי עזה, שם הפלסטינים יוכלו לאסוף אותן באמצעות סירת דיג. ביום הלכידה יצאו כוחות זרוע הים לעבר הספינה והמתינו לה במרחק עשרות מיילים מהחוף הישראלי. בשעה 11:30 החל נוהל המעצר. תחילה, יצאו שלושה אנשים אל סיפון ה"סנטוריני" והרביעי הצטרף כעבור דקות אחדות. לאחר שהוסר החשש כי אין הם נושאים מטעני חבלה, הועלו המחבלים לספינת הטילים. אונית הנשק הושטה לנמל חיפה על ידי כוחותינו, שם נפרקו ממנה אמצעי לחימה הרבים.
