קרב עם ספינת משמר מצרית
ב-13 באוגוסט 1973 חדרה ספינת משמר מצרית מדגם דה-קסטרו באור יום לשטחה הריבוני של ישראל.
מפקד זוג הדבורים, סגן צביקה שחק, הכין את הכוח ונכנס לקרב. הספינה המצרית פתחה ראשונה באש. סגן שחק התקרב אל הספינה, ובטווח של כ-600 מטרים נתן פקודת אש לשני הדבורים. ירי הדבורים, אשר בוצע מתותחי אורליקון, היה ממושך ובגינו הם נותרו כמעט ללא תחמושת במוצבי הירי שעל סיפוניהם. ספינת המשמר המצרית ספגה נזקים והחלה להפליג במעגלים.
בשלב זה הורה הרמטכ"ל למפקד הזירה דאז, אל"ם זאב אלמוג, להחזיר את הדבורים לראס סודר שהיה אז בשליטה ריבונית-ישראלית. הספינה המצרית הצליחה להפליג חזרה לנמל עדביה. לצד הישראלי היו שני פצועים קל כתוצאה מהאירוע.
כחודשיים לאחר מכן, בלילה הראשון של מלחמת יום הכיפורים נערך קרב "מרסא תלמאת". בקרב זה השתתף סגן שחק ודבור 864 עליו פיקד לקרב כנגד כלי שיט ומוצבי חוף מצריים. הודות לקרב שנערך, הגיעו הלוחמים וסגן שחק עם ניסיון קרבי שעזר להם להתמודד עם הירי בקרב.
השקת אח"י קשת (סער 4)
ב-23 באוגוסט 1973 הושקה במספנות ישראל אח"י קשת מדגם סער 4. אח"י קשת הייתה שייכת לסדרת 'תכלית' והיא השנייה מבין שש ספינות אשר נבנו במספנות ישראל.
אח"י קשת תרמה רבות לביטחון המדינה במהלך שבע שנות שירותה המבצעיות. היא השתתפה במגוון רחב של אירועים מבצעיים במהלך מלחמת יום הכיפורים, כמו תקיפת פורט סעיד, קרב דמיאט וקרב טרטוס.
בשנת 1980 נמכרה הספינה לחיל הים הצ'יליאני ושונה לה השם ל -L.M. CHIPANA.
דבור משמיד סירת מחבלים אל מול ראשדייה
בתשעה באוגוסט 1974 הושמדה סירת גומי ובה שלושה מחבלים על ידי דבור מפלגה 914. הדבור היה בסיור ביטחון שוטף אל מול ראשדייה שבלבנון כאשר זיהה את הסירה.
מבצע 'ציפור עדן'
ב-20 באוגוסט 1974 הפליגו הנחתות אח"י אשדוד (פ-61), אח"י אשקלון (פ-61) ואח"י אכזיב (פ-65) מסביב ליבשת אפריקה, במסגרת מבצע 'ציפור עדן'. הספינות יצאו בהפרשים של 48 שעות אחת מהשנייה. הנמל הראשון בו עגנו היה פלרמו, ולאחר מספר שבועות, ביום שישי ה-13 לחודש, חצו הנחתות את קו המשווה.
הספינות חתמו את הפלגתן בנמל אילת לאחר כ-64 ימי שיט.
לכידת האונייה 'חנאן'
ב-23 באוגוסט 1983 נלכדה האונייה 'חנאן' על ידי כוח של ספינות טילים וכוח של שייטת 13. האונייה, שהייתה בדרכה מתוניסיה ללבנון, נשאה כ-400 ארגזי נשק. מעבר ל-11 אנשי צוותה היו גם 12 מחבלים, ביניהם שלושה קצינים מהכוח הימי של ארגון הטרור פת"ח. עם עצירת הספינה, האונייה הושטה לחיפה.
ספינות הטילים אשר השתתפו במבצע הן אח"י רשף, אח"י יפו, אח"י מזנק ואח"י געש.
מבצע נק' זינוק: שת"פ יוצא דופן עם חיל האוויר
בחודש אוגוסט 1984 התרחש מבצע 'נקודת זינוק' בו הותקף בסיס ימי של ארגון מחבלים בנהאר אל-בארד שבלבנון בשיתוף פעולה עם חיל האוויר. הבסיס, שהיווה גם מחנה פליטים, שימש את המחבלים כבסיס יציאה לפיגועי טרור בישראל. בחיל האוויר הוחלט כי בהתאם לאיומים הקיימים מסוקי הקרב הם אלו שיבצעו את ההתקפה, אך מרחק המטרה מהגבול עם ישראל היה 170 קילומטרים ולא היה ביכולת המסוקים להגיע למטרה בטיסה ישירה. הפתרון שהיה לכך הוא שיתוף פעולה יוצא דופן עם שייטת 3; במבצע זה המריאו מסוקי חיל האוויר מספינת הטילים אח"י גאולה מדגם חוחית (סער 4.5), ביצעו תקיפה ושבו לנחות על הספינה, דבר שלא היה תקדים לו.
ספינות הסער מדגם חוחית של זרוע הים נכנסו לשירות בתחילת שנות ה-80 והיו לספינות הישראליות הראשונות שהותאמו להפעלת מסוקים. תחילה, בוצעו ניסויי נחיתה על ספינות הטילים עם מסוקי סייפן, אך לאחר זמן מה החלו גם מסוקי הדיפנדר לבצע אימונים דומים. כך, גובשה במהרה תפיסת הפעלה מבצעית.
מבצע 'נקודת זינוק' נודע לא רק בשיתוף הפעולה של שתי הזרועות, אלא גם במרחקו- זוהי התקיפה הרחוקה ביותר שביצעו מסוקי חיל האוויר אי פעם. שיא זה לא נשבר עד היום, אלא רק שוחזר כאשר מסוקי אפאצ'י תקפו מטרות באזור כעשור לאחר מכן. לנוכח הצלחת המבצע, התבצע בעשרה ביולי 1985 מבצע נוסף כדוגמת זה- מבצע 'ערבי נחל-4', בו השתתפו ספינות הטילים אח"י גאולה ואח"י עלייה.
לכידת היאכטה 'קאסלארדי'
ב-25 באוגוסט 1985 נלכדה היאכטה 'קאסלארדי' על ידי ספינת הטילים אח"י גאולה, דבור 881 וכוח של הקומנדו. על גבי הספינה היו שני אנשי צוות ושמונה מחבלים מארגון פת"ח. כוונת המחבלים הייתה לבצע פיגוע הרג גדול באוטובוס חיילים, באחת מתחנות ההסעה בסמוך לקריית שמונה. לשם כך, התאמנו המחבלים במשך זמן ממושך באלג'יריה.
הספינה נתפסה במרחק של כ-14 מייל מערבית לצידון שבלבנון. מפקד המבצע היה סא"ל אלכס אייל, לימים תת-אלוף.
לימים, היאכטה 'קאסלארדי' שימשה את יחידת האיתור התת-מימי של זרוע הים תחת השם אח"י תמנון. היא יצאה מפעילות בשנת 2006.
לכידת היאכטה 'גנדה'
ב-30 באוגוסט 1985 ספינת טילים ישראלית לכדה את היאכטה 'גנדה' מערבית לצידון. על סיפון האונייה היו חמישה מחבלים מכוח 17, הנחשבת ליחידת העילית של 'פתח'.
לכידת האונייה 'אמל'
ב-25 באוגוסט 1986 נלכדה אונית הסוחר 'אמל' על ידי כוחות זרוע הים. האונייה הייתה בדרכה לנמל 'חלדה' הנמצא דרומית לביירות ונשאה שלוש מכולות של אמצעי לחימה, סירה מהירה ועשרה אנשי צוות.
לאחר שפורקה מהתחמושת שהייתה על גביה שוחררה לדרכה.
עצירת היאכטה 'אנג'ל'
בשלושה באוגוסט 1988 נלכדה היאכטה 'אנג'ל' ועליה ארבעה קצינים מהכוח הימי של ארגון הטרור פת"ח על ידי ספינות הטילים של זרוע הים.
בסוף יולי 1988 יצאו ארבע ספינות טילים של זרוע הים בפיקודו של מפקד שייטת 3 דאז, אל"ם יוסי לוי, לאימון שגרתי במרכז הים התיכון. לקראת תום האימון, אחרי שהות של כשבוע בים, התקבל דיווח כי ספינת המחבלים 'אנג'ל' יוצאת מנמל דוברובניק שביגוסלביה והייתה בדרכה ללוב. מפקדי הספינות ששהו בים התכנסו באח"י גאולה והכינו נוהל קרב מתאים. תרשים שהיה אצל קצין המודיעין של הכוח אפשר זיהוי פשוט של הספינה.
למשך כמעט יומיים הסטי"לים לא מצאו אף ספינה אך לבסוף בשעות אחר הצהריים המוקדמות של יום תפיסתה התקבלה קריאת זיהוי והיאכטה התגלתה. כדי לשמר את גורם ההפתעה הוחלט כי אח"י גאולה היא זו שתתקרב אל היאכטה ותבצע זאת מכיוון השמש כדי להקשות את זיהויה. תחילה קראו ליאכטה לעצור בשפה האנגלית, אך כשזו האחרונה לא ענתה נורו יריות לפני חרטומה של הספינה. לאחר ביצוע הירי, היאכטה עצרה ויצאו לסיפון שש אנשי צוותה, ביניהם ארבעה קצינים מהכוח הימי של פת"ח.
בסיום הזיהוי הוחלט לגרור את הספינה לישראל, דבר שארך ארבעה ימים בשל הרצון להסתיר את עובדת היתפסותה על ידי הצי הישראלי. שמה של הספינה נמחק, ארובותיה של הספינה נבצעו בלבן ועל הירכתיים נפרשה יריעת ברזנט. ספינות הטילים הפליגו במבנה מכונס כדי שספינות זרות לא יתקרבו אל היאכטה.
"אלה היו ארבע יממות רצופות ללא שינה", סיפר מפקד השייטת, אל"ם יוסי לוי, על גרירת היאכטה. "היו לא מעט רגעי דאגה כמו מטוס צבאי שחלף מעל ולא היה ברור אם הוא זיהה את היאכטה או לא, או דיווחים על ספינות של ציי אויב המפליגות בסמוך. הערנות הייתה מרבית. לא רצינו להיכנס למצב שבו נאלץ לאלתר. לבסוף, כאשר נכנסנו למים הריבוניים של מדינת ישראל הייתה הרגשה עילאית".
השקת הדבורה הראשונה מדגם סימן 1
במהלך חודש אוגוסט 1988 הושקה ספינת הדבורה (דגם סימן 1) בזרוע הים.
הדבורה נבנתה ברמת"א (רכיבים ומערכות תעשייה אווירית) והיא דגם משודרג לדגם הדבור הישראלי. שדרוגי הספינה באים לידי ביטוי במנועים ובאמצעי הלחימה המתקדמים לצד שילוב טכנולוגיה מפותחת ומשודרגת במערכות שונות. הדבורה נוצרה כדי לתת מענה לאמצעי הלחימה שהיו לארגוני הטרור השונים שעברו התפתחות מהירה תוך זמן קצר.
ניסוי מוצלח בטיל ברק 1
ב-16 באוגוסט 1991 בוצע שיגור בכורה מוצלח של טיל ברק 1 על גבי ספינת הטילים. ביכולת המערכת ברק 1, שהיא פיתוח משותף של רפאל והתעשייה האווירית לישראל, ליירט טילים העלולים להיות משוגרים נגד הספינות. אחד מהיתרונות הבולטים בטיל הוא בכך שיכולת היירוט שלו הינה מכל כיוון וגובה.
ביולי 2009 בוצע ניסוי מוצלח במערכת ברק 8, גרסה משופרת של הטיל המסוגלת לאפיין ולסווג מטרות באמצעות המכ"ם. כחמש שנים לאחר מכן, נערך ניסוי נוסף במסגרת שדרוג מערכות ההגנה של הזרוע שנועדו להגן על ספינות מפני טילי שיוט. גם הניסוי הזה היה מוצלח.
חיסול מחבלים בצפון לבנון
בארבעה באוגוסט 1992 במהלך סיור שערך כוח של זרוע הים אותרו ארבעה מחבלים וחוסלו. המחבלים היו אל מול חוף אל-בארד בצפון לבנון וביצעו אימון ימי.